Dans un courrier du 17 janvier 2001 au Ministère de la Défense, l’Unadfi fait état d’ « une subvention exceptionnelle de cinq millions de francs accordée par le Premier ministre » (annexe 1) pour se rendre acquéreur de nouveaux locaux fin 2000. Cependant, interrogés sur cette subvention, les services du Premier ministre déclarent dans une lettre du 6 juin 2006 « qu’aucune subvention de ce montant n’a été accordée à l’Unadfi à partir du chapitre 37-06 dédié au financement d’actions humanitaires ou en faveur des droits de l’homme, seul chapitre de subvention dont les services généraux du Premier ministre assurent la gestion.» (annexe 2). Ces documents ont été obtenus en application de la loi d’accès aux documents administratifs. La source de ce financement n’est donc pas établie.